お墓を黒い石で建てるのは良くないのですか？

仏教のいわれによりますと仏教ではあらゆる色を尊重しているとのことで基本となる色は五色(赤・青・黄・白・黒)で、この色のどれか一つが欠けても極楽浄土は出来ないとされています。
ですので『黒い石はお墓に良くない』というのはおかしな話で一般的には関西では白系統、関東では黒系統の石を良く使います。
色のタブーは全くありませんのでお好きな色で良いと思います。